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Services de soutien des laboratoires et Biobanque (LSB)

A propos

Les Services de soutien des laboratoires et Biobanque (LSB) assurent une fonction transversale au sein du CIRC. Ils font partie de la Branche Nutrition et métabolisme (NME) et travaillent en concertation avec les Services intérieurs (ASO) et les branches de recherche pour fournir les services de laboratoire et de biobanque essentiels aux activités du Centre. Ils offrent également à l’ensemble du Centre des conseils et des formations en matière de sécurité dans les laboratoires et servent d’interface à ce sujet auprès des autorités réglementaires et des organismes extérieurs avec lesquels ils collaborent. La Biobanque du CIRC constitue un point de référence pour de nombreuses études effectuées au Centre.

Les Services LSB mettent aussi leur expertise et leurs compétences au service des biobanques du monde entier, par le biais du Réseau de constitution de cohortes et de biobanques (BCNet) dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI). La synthèse des données ainsi obtenues sert à élaborer du matériel pédagogique et des directives internationales. Les Services LSB ont ainsi participé à l’élaboration de pratiques exemplaires et de normes internationales pour les biobanques. Ils ont également organisé des ateliers et des cours de formation dans ce domaine, en étroite collaboration avec la Branche Formation et renforcement des capacités (LCB).

Ces activités sont brièvement présentées ici (pour plus de détails, contacter les Services LSB à l’adresse suivante : ibb@iarc.fr).

Services de laboratoire

Les Services LSB veillent à ce que le travail de laboratoire s’effectue dans les meilleures conditions et que la recherche bénéficie des meilleurs services de laboratoire. Le service commun des laboratoires assure : i) l’exploitation du système électronique de gestion des échantillons du CIRC (SAMI) ; ii) la gestion du magasin central des fournitures de laboratoire ; iii) les quarantaines et les expéditions ; iv) la vérification du cahier de laboratoire électronique ; v) le système de lavage de la verrerie de laboratoire ; vi) la vérification des pipettes et de l’absence de contamination par des mycoplasmes ; et vii) la récupération des échantillons et la congélation des cellules. Les Services LSB s’occupent en outre de la préparation des échantillons d’ADN (extraction automatisée d’ADN et préparation d’aliquotes).

Conjointement avec le Comité directeur des laboratoires, les Services LSB supervisent les plateformes et le service commun des laboratoires et s’assurent du bon entretien des équipements. Le renforcement des interactions entre la recherche en laboratoire et les études épidémiologiques passe notamment par la modernisation et le perfectionnement des équipements scientifiques, l’acquisition d’instruments de pointe et la mise à disposition d’une capacité suffisante de stockage des échantillons.

Les Services LSB traitent les questions liées à la santé et à la sécurité des personnels du CIRC, en étroite collaboration avec le Comité de santé et de sécurité au travail. Ils assurent notamment la formation du personnel à la sécurité et la disponibilité en ligne des fiches de données de sécurité pour tous les réactifs utilisés ou conservés dans les laboratoires du CIRC ; ils sont également chargés d’installer des systèmes de surveillance et des détecteurs de présence au sol dans les salles de travail isolées.

Biobanque du CIRC

Le CIRC héberge l’une des plus grandes et des plus riches collections de matériel biologique au monde, avec plus de 6 millions d’échantillons présentant notamment un grand intérêt en matière d’interactions gènes-environnement. La Biobanque du CIRC entretient des collections d’échantillons biologiques issus d’études collaboratives internationales ; elle abrite également les collections de prélèvements biologiques provenant de consortiums et de réseaux de recherche des PRFI. 

La Biobanque du CIRC propose en outre des services pré-analytiques et fonctionne sur une base de recouvrement des coûts. L’acquisition d’équipements permettant d’extraire des acides nucléiques à partir de matériel biologique autre que des échantillons de sang frais congelé (notamment à partir de tissus, de salive et de gouttes de sang séché) a élargi le champ des services offerts par la plateforme. La Biobanque du CIRC a mis en place des mesures rigoureuses de contrôle de la qualité des échantillons et dispose d’installations de secours adaptées et en nombre suffisant. Elle a obtenu d’excellents résultats aux tests d’aptitude effectués dans le cadre des programmes internationaux de contrôle des compétences.

Reseau de constitution de cohortes et de biobanques dans les PRFI (BCNet)

On s’attend à une augmentation significative des maladies non transmissibles dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) au cours des prochaines décennies. Mais la recherche médicale et/ou les études visant à mettre au point des médicaments ne se sont guère intéressées au patrimoine génétique de leurs populations, si bien que les résultats des recherches ne sont, souvent, pas directement applicables à ces populations et les solutions adoptées peuvent s’avérer inefficaces dans les PRFI.

Pour remédier à ce problème, le CIRC a créé, en 2013, le Réseau de constitution de cohortes et de biobanques dans les PRFI (BCNet pour Biobank and Cohort Building Network), avec des partenaires tels que le Center for Global Health, au sein du National Cancer Institute des Etats-Unis. BCNet a pour objectif d’aider les PRFI à mettre en place des infrastructures de laboratoire capables d’assurer la bonne gestion des échantillons et des données. Ce réseau est devenu un centre de coordination mondial, regroupant 42 instituts répartis dans 23 pays. BCNet préside à l’élaboration de protocoles harmonisés, de pratiques exemplaires et de normes, ainsi qu’à la recherche sur les biobanques. Le réseau a aussi mis en place un programme permettant d’enregistrer les ressources biologiques de ses membres.

L’adhésion à BCNet est gratuite, et depuis 2018, ses membres peuvent adhérer sans frais à la Société internationale des biobanques biologiques et environnementales (ISBER pour International Society for Biological and Environmental Repositories). Ils bénéficient ainsi d’un accès gratuit aux webinaires éducatifs organisés par le CIRC et ses partenaires, d’un bulletin d’information publié tous les 4 mois contenant des nouvelles et des informations transmises par les membres sur les possibilités de subvention et de collaboration, ainsi que des articles récents sur des sujets d’intérêt. Les membres de BCNet bénéficient également d’un accès gratuit au matériel pédagogique via le portail « IARC Learning », qui permet d’accéder à une plateforme d’apprentissage dédiée aux biobanques (en anglais).

Apprentissage et directives

La synthèse de l’expérience acquise lors des activités de soutien et de recherche de LSB contribue à l’élaboration de directives et de normes à partir de données scientifiques probantes. Les Services LSB ont ainsi développé différents outils pédagogiques spécialement conçus pour aider les spécialistes. En collaboration avec la Branche Formation et renforcement des capacités (LCB), ils ont créé et alimentent une plateforme d’apprentissage dédiée aux biobanques, disponible sur le portail d’apprentissage du CIRC. Parmi les thèmes proposés figurent les aspects éthiques et juridiques, la gouvernance et l’infrastructure des biobanques, la collecte et la gestion des échantillons et des données, ainsi qu’un volet bioinformatique. Les Services LSB collaborent étroitement avec l’Ecole supérieure de Biologie, Biochimie, Biotechnologies (ESTBB) de l’Université Catholique de Lyon, à laquelle ils fournissent du matériel pédagogique pour le master en Management des biobanques.

En ce qui concerne les directives et les normes, les Services LSB ont élaboré des normes techniques minimales communes et des protocoles pour les biobanques dédiées à la recherche sur le cancer publiées en 2017 (publication technique du CIRC n° 44, uniquement en anglais). Cet ouvrage est devenu la référence mondiale pour les infrastructures de recherche des PRFI. Ils ont participé à l’élaboration de cadres éthiques, juridiques et de gouvernance pour les infrastructures de recherche, notamment en ce qui concerne la recherche comparative dans les PRFI. En étroite collaboration avec la Branche Synthèse des données et classification (ESC), les Services LSB participent à la Collaboration internationale pour la recherche sur le cancer et la classification des tumeurs (IC3R pour International Collaboration for Cancer Classification and Research). Ils représentent le CIRC auprès du groupe de travail Biotechnologie (ISO/TC 276 – Biotechnologie) de l’Organisation internationale de normalisation (ISO) et du Consortium paneuropéen de l’Union européenne pour l’infrastructure de recherche sur les biobanques et les ressources biomoléculaires (BBMRI-ERIC), auxquels ils apportent leur expertise pour l’élaboration des normes et des directives.

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